Pada tanggal 19 Januari 1999 pukul 16.30 WIT 2 orang warga masyarakat suku Bugis yang sedang mabok mencegat sebuah angkot yang dikemudikan oleh warga Maluku asal desa Batu Merah. Ke-2 warga suku Bugis tersebut meminta uang kepada pengemudi angkot tersebut dan tidak dikabulkan sehingga ke-2 orang suku Bugis tersebut melakukan pemukulan dan penikaman.

     Selanjutnya pengemudi angkot tersebut melarikan diri dan mengajak teman-temannya ketempat kejadian untuk melakukan balas dendam dan mendatangi perkampungan suku Bugis serta terjadi aksi saling lempar melempar. Kejadian tersebut dimanfaatkan oleh oknum-oknum tertentu untuk menyebarkan isu-isu yang berlatar belakang suku dan agama sehingga kerusuhan meluas yang mengakibatkan terjadinya korban jiwa, raga dan harta benda.

2. Kronologi peristiwa.

a. Pada awalnya terjadi upaya pemerasan oleh 2 orang suku Bugis terhadap seorang supir angkot asal suku Ambon dan berakibat pemukulan terhadap supir angkot.

b. Supir angkot mengajak teman-temannya dan mendatangi perkampungan suku Bugis sehingga terjadi tindakan saling melempar.

c. Hari berikutnya perkembangan aksi massa kedalam kota dan bertindak anarkhis, brutal dan melakukan pengrusakan, pembakaran dan kekerasan yang menimbulkan kerugian jiwa, raga dan harta benda sehingga sulit dikendalikan oleh aparat keamanan.

d. Ribuan penduduk pendatang melakukan pengungsian di markas-markas satuan ABRI serta melakukan pengungsian keluar Ambon.

e. Aksi- aksi kerusuhan berkembang ke P. Aru, Tanimbar, Tual dan Banda.

f. Aparat keamanan telah melakukan langkah tindakan untuk melokalisir peristiwa kerusuhan agar tidak meluas dengan menambah kekuatan dan penempatan pasukan-pasukan dilokasi rawan kerusuhan. Pimpinan ABRI telah melakukan dialog dan pertemuan dengan para pemuka agama dan tokoh masyarakat guna menjaga rasa persatuan dan kesatuan serta bersama-sama mengatasi maslah. ABRI membantu mengevakuasi para pengungsi yang kehilangan tempat tinggal dan memberikan bantuan bahan makanan dan obat-obatan. Aparat keamanan telah melakukan pula tindakan-tindakan penegakan hukum terhadap para tersangka pelaku kriminal. Menhankam/Pangab telah membentuk Tim Khusus yang beranggotakan personil ABRI yang berasal dari daerah Maluku untuk membantu aparat setempat menyelesaikan peristiwa Ambon.

g. Korban yang terjadi akibat kerusuhan yaitu : Meninggal dunia 302 orang, luka berat 389 orang, luka ringan 383 orang, dirusak dan di bakar : Masjid (51), gereja (25), rumah (5.681), pasar (5), toko (338), kios (697), gedung pemerintah (14), gedung sekolah (15), gedung bioskop (1), hotel (3), rumah makan (1), rumah dinas (5).

3. Proses Hukum.

a. Dari 173 orang yang telah diperiksa dan terbukti sebagai tersangka 59 orang yang melakukan perbuatan kriminal 65 kasus. 42 berkas perkara dalam proses peradilan. Diduga sebagai provokator 16 orang dan dalam pencarian 6 orang. Berkas perkara tersangka provokator masih dalam proses peradilan pidana.

b. Terhadap 2 orang oknum Polri dan seorang oknum TNI-AD yang diduga sebagai pelaku penembakan dan penghasutan sedang dilakukan penyidikan secara intensif.

c. Upaya untuk mengungkapkan para pelaku kerusuhan dan provokator terus dilakukan.

4. Kesimpulan.

a. Peristiwa ini berawal dari pertikaian individu yang sifatnya sepele lalu membawa warga suku masing-masing. Dengan adanya provokator lokal yang menghembuskan isu SARA dan perbedaan kesenjangan ekonomi, kerusuhan massal ini cepat meluas dan banyak menimbulkan korban.

b. Pada awalnya penanganan peristiwa kerusuhan oleh aparat keamanan mengalami sedikit kesulitan karena rasio luas wilayah dengan jumlah aparat keamanan tidak seimbang. Namun untuk selanjutnya penanganan masalah keamanan dan hukum cukup lancar setelah datangnya bantuan dari luar daerah.

c. Keberadaan Tim Khusus TNI dan Polri banyak memberi dampak positif dalam penyelesaian peristiwa ini.

d. Ada indikasi kuat keterlibatan kelompok RMS dalam peristiwa ini.

Berbagai kompromi serta keputusan penting yang telah dilakukan berkaitan dengan peristiwa Ambon merupakan refleksi keterbukaan TNI dan Polri terhadap kritik maupun masukan konstruktif dari berbagai komponen bangsa demi mencapai solusi terbaik bagi masa depan masyarakat Ambon sendiri.